اصفهان شد . همچنين از آنجا كه شاه‌عباس در 996 به حكومت رسيد ، شيخ الاسلامى او در اصفهان بر خلاف مشهور به امر شاه‌عباس نبوده ، بلكه شاه اسماعيل ثانى ( حك : 984 - 985 ) يا سلطان محمد خدابنده ( حك : 985 - 59 ) او را منصوب كرده بودند . احتمال دارد كه وى در زمان شاه‌عباس نيز شيخ الاسلام اصفهان شده باشد . گفته‌اند كه او حدود سى سال در سفر بوده است ، امّا اين مسئله با توجه اشتغالات اجتماعى و تأليفات فراوان او و عهده‌دارى منصب شيخ الاسلامى و قضاوت ، اغراق‌آميز مىنمايد . بعضى منابع سفر ممتد و طولانى بهائى را قبل از شيخ الاسلامى او در اصفهان دانسته‌اند . بهائى پس از مدتى ، به شوق سفر حج ، از شيخ الاسلامى كناره گرفت و مسافرت طولانى خود را آغاز كرد و در 1025 به اصفهان بازگشت و ازآن‌پس تا آخر عمر ملازم شاه‌عباس بود . وى در اين سفر ، به عراق و حلب ، شام و مصر و سرانديب ، حجاز و بيت المقدس رفته و در سياحت خود به مصاحبت بسيارى از علما و اكابر صوفيه نائل شده است . بهائى در سفرهاى خود ، ناشناس و در كسوت فقر و درويشى سير كرده و با ارباب اديان و مذاهب اسلامى به بحث و احتجاج پرداخته و در بعضى موارد تقيّه مىكرده است . به گزارش محبّى ، در مصر با محمد بن ابى الحسن بكرى ( متوفى 993 ) از علماى شافعى ، ديدار كرد ؛ به هيئت سيّاحان درآمد و به خواهش رضى بن ابى اللّطيف مقدسى هيئت و هندسه را به شرط كتمان به او آموخت . در دمشق ، با حافظ حسين كربلايى يا تبريزى مؤلف روضات الجنات ، ديدار نمود ، و همچنين با بورينى ملاقات و مباحثه كرد . همچنين در حلب ، با شيخ عمر عرضى ( متوفى 1024 ) ، مفتى شافعى ، ملاقات كرد و به نوشتهء محبّى اظهار تسنّن نمود .